目前，中国已经形成具有较大规模的孵化器队伍，数量位居世界前茅，列发展中国家之首。经过孵化器这个“高新技术企业摇篮”培育的科技型中小企业得到了很好的发展，不仅涌现出一大批成熟的毕业企业，为我国高新技术产业发展提供了源源不断的后备力量，而且一批毕业企业已经成为高新技术产业发展中的中坚。

当前，中国科技企业孵化器的发展处于从经典型的综合性孵化器向现代多种类型的专业孵化器发展的转型时期；由政府单一投资建立的社会公益性孵化器扩展到政府、大学、研发机构、企业、投资机构独立或合作建立的社会公益性、非营利性或营利性孵化器共存的多元化发展时期；由单独依靠科技资源向依托科技资源与产业资源优化重组相结合的方式转变；由在高新区内建立向以高新区为基地辐射到任何有条件地方发展；由只建立孵化机构向建立以孵化器为核心，以网络为手段、吸引创业资本、相关中介服务机构和研发机构共同参与的科技创新孵化体系过渡。

与此同时，在孵化器这一新生事物的运行中，一些地方重数量轻质量、数量增长快、服务功能滞后，相当一部分孵化器管理人员缺乏企业管理的经验和能力，对入驻企业缺乏判断和识别能力；孵化器物业建设出现追求“豪华”的倾向，导致孵化器建设和运营成本上升，对创业企业和孵化器发展不利。